Helse Finnmark HF er organisert i tre klinikker: klinikk Kirkenes, klinikk Hammerfest og klinikk for psykisk helsevern og rus. 

Sykehusene med akuttfunksjoner innen medisin, kirurgi og fødselsomsorg ligger i Hammerfest og Kirkenes.
Habiliterings- og Rehabiliteringstjenester for voksne er i Kirkenes, og Habiliteringstjenester for barn samt barneavdelingen er i Hammerfest.

Psykiatrien består av tre distriktspsykiatriske sentre (DPS-er), som er spredt mellom Alta, Hammerfest, Talvik, Tana, Kirkenes, Lakselv og Karasjok, i tillegg til Finnmarksklinikken som ligger i Karasjok. Administrasjonen for DPS Vest-Finnmark er i Alta, for DPS Øst-Finnmark i Tana og DPS Midt-Finnmark og SANKS i Lakselv.

Samisk Nasjonalt Kompetansesenter (SANKS) har et nasjonalt ansvar for å tilby og utvikle helsetjenester til den samiske befolkningen.